Effet Zeeman du second ordre: Déplacement de fréquence lié à l'application volontaire d'un champ magnétique dans la zone d'interrogation. Le déplacement est proportionnel au carré du champ magnétique.

Effet du rayonnement du corps noir: Déplacement de fréquence lié au couplage des atomes avec le rayonnement thermique à la température de l'expérience.

Effet Doppler du premier ordre: Déplacement de fréquence lié aux inhomogénéités de la phase du champ dans la cavité d'interrogation. On parle aussi d'effet des gradients de phase.

Déplacement collisionnel: Déplacement lié aux interactions entre atomes. Il est proportionnel à la densité atomique dans la zone d'interrogation.
Le déplacement collisionnel est particulièrement élevé dans les fontaines à atomes de césium.

Entrainements de fréquence par la cavité: Déplacements de fréquence dus à la dynamique du mode de la cavité d'interrogation. On utilise souvent le terme anglais ``cavity pulling''.

Effet des fuites micro-ondes: Déplacement de fréquence lié à l'interaction des atomes avec un champ parasite issu de l'oscillateur d'interrogation en dehors de la cavité d'interrogation.

Effets du spectre micro-onde: Déplacements de fréquence liés aux imperfections de la source micro-onde d'interrogation (asymétrie du spectre, modulation de phase synchrone avec le cycle de la fontaine).

Déplacements de Rabi, de Ramsey et de Majorana :Déplacements de la fréquence liés aux couplages faisant intervenir les niveaux hyperfins autres que les niveaux horloges.

Effet de recul: Déplacement de la fréquence lié à l'effet de la micro-onde d'interrogation sur le mouvement de l'atome. Pour décrire cet effet, il faut traiter les variables externes de l'atome de manière quantique.